Első okleveles említése 1390-ből maradt fenn Newger alakban, de már jóval korábban települt lehetett.1390-ben a Kanizsai-család kapta Sárvár várának tartozékaként. A következő században egy ideig Ozorai Pipo is birtokolta, de korábbi tulajdonosaik csere útján visszaszerezték. Kanizsai Orsolyával kötött házassága révén Nádasdy Tamás tulajdonába került. 1677-ben négy telket a sárvári huszárok ellátására adtak át. Egy ideig Sárvár sorsát követve birtokosa lett az Inkei és a Szily-család. A 20. század első felében Grünwald József volt a legnagyobb birtokos.

Nyőgér a 16. században társközsége a közeli Sótonynak, amelyet bizonyít, hogy 1521-ben a két falunak közös bírója volt. Az ezt követő időkben több támadás is érte, mert többször írtak össze elhagyott illetve puszta telkeket. 1629-ben pusztaként tartották számon. Már korán kénytelenek voltak hódolni a törököknek, először Budára, majd Segesdre, később Kanizsára vitték adójukat.

A környező dombokon folyó szőlőművelésről már a 16. század végéről maradt fenn adat, akkor 19 birtokos volt. 1744-ben a falubeliek 62 kapás, a 21 máshol lakó 51 kapás szőlőt művelt.

A Nádasdy-család hatására itt is elterjedt az 1500-as évek második felében a reformáció. Evangélikus anyagyülekezet lett, Sótony és Bejc tartozott hozzá. A földesúr katolikus hitre térésekor elvette a protestánsoktól a templomot, ami az 1662. évi országgyűlés sérelmei közé is bekerült.